Tavanomaisesti verot kannetaan verovuoden aikana ennakkoveroina. Verovirasto määrää Suomessa maksettavien ennakkoverojen määrän ensimmäisenä vuotena perustamisilmoituksessa ilmoitetun tuloarvion perusteella. Seuraavina vuosina ennakkoverot määrätään edellisen vuoden tuloksen perusteella. Jos yhtiön tulos poikkeaa merkittävästi ennakkoverojen määrityksen perusteena käytetystä tuloksesta, on suositeltavaa hakea ennakkoveron muuttamista.

Lopullinen verotus toimitetaan verovuoden päättymisen jälkeen. Yhtiön on jätettävä veroilmoituksensa vuosittain neljän kuukauden kuluessa yhtiön tilikauden päättymisestä. Normaalisti veroviranomainen antaa verotuspäätöksen kymmenen kuukauden kuluessa yhtiön tilikauden päättymisestä. Päätöksessä todetaan yhtiön verotettavat tulot, vahvistetut tappiot ja yhtiön saaman veronpalautuksen tai maksuun määrättävän veron määrä.

Lähtökohtaisesti ulkomaille maksettu vero on vähennyskelpoinen Suomessa vasta kun vero on tosiasiallisesti maksettu. Verovelvollisen on anottava veron hyvittämistä viiden vuoden kuluessa. Määräaika lasketaan verotusvuotta seuraavan vuoden alusta alkaen.

Jos verovelvollisen Suomen veroviranomaisille toimittamat tiedot sittemmin osoittautuvat puutteellisiksi, veroviranomainen voi korjata tuloverotusta vastaavasti. Näin voi tapahtua esimerkiksi suomalaisen yhtiön/sivuliikkeen voiton ollessa ilmoitettua suurempi, mutta myös siinä tapauksessa, että esimerkiksi yritysryhmän ulkomaisten yhtiöiden kanssa käytetyt kulujen tasaus- ja siirtohinnoittelumenetelmät eivät ole markkinaehtoperiaatteen mukaisia.

Muutosten tekemiselle asetetut aikarajat ovat enemmän verottajan kuin verovelvollisen etujen mukaisia. Jos verovelvollinen ei ole jättänyt veroilmoitusta tai veroilmoituksen tiedot ovat olleet puutteellisia tai virheellisiä, verotusta voidaan muuttaa verovelvollisen haitaksi viiden vuoden kuluessa verotuspäätöksen tekemisestä (tai siitä kun verotuspäätös olisi tehty, jos verovelvollinen olisi jättänyt veroilmoituksen). Määräaika lasketaan sitä vuotta seuraavan vuoden alusta, jolloin alkuperäinen verotuspäätös on tehty.

Verotuksen takautuvan muuttamisen lisäksi veroviranomaiset voivat määrätä rangaistusluontoisen veronkorotuksen, joka voi olla korkeimmillaan 30 % yhtiön korjatuista tuloista. Yksittäisessä tapauksessa määrättävä korotus riippuu verovelvollisen syyksi katsottavan virheellisyyden asteesta.

Lisäksi, jos verotusta muutetaan takautuvasti verovelvollisen ilmoittamien puutteellisten tai virheellisten tietojen takia, veronlisäyksestä peritään myös viivästyskorkoa (tällä hetkellä 11,5 %).

Jos verovelvollinen on tyytymätön verotuspäätökseen, hän voi ensin vaatia päätöksen tehnyttä verovirastoa korjaamaan päätöksen. Jos verovirasto ei suostu muuttamaan päätöstä, verovelvollisen on tehtävä virallinen oikaisuvaatimus.

Ensimmäinen oikaisuvaatimus tehdään verotuksen oikaisulautakunnalle. Lautakunnan tekemästä päätöksestä voi valittaa hallinto-oikeuteen. Määräaika verovelvollisen tekemälle valitukselle on viisi vuotta, laskettuna verotusvuotta seuraavan vuoden alusta, mutta kuitenkin vähintään 60 päivää siitä, kun verovelvollinen on saanut tiedon valituksen kohteena olevasta päätöksestä. Hallinto-oikeuden päätös on lopullinen, jollei korkein hallinto-oikeus myönnä valituslupaa erityisen tärkeiden syiden perusteella. Valitusaika korkeimpaan hallinto-oikeuteen on 60 päivää hallinto-oikeuden tuomion tiedoksi antamisesta.

Muutoksenhakuun liittyen on huomioitava, että veroviranomaisilla on oikeus kantaa määrätyt verot, vaikka verovelvollinen olisi valittanut verotuspäätöksestä. Jos päätös myöhemmin muuttuu muutoksenhaun seurauksena, verovelvolliselle palautetaan hänen maksamansa verot. Useamman valtion verottaessa samaa tuloa, velvollisuus maksaa verot muutoksenhausta huolimatta voi olla yhtiön kannalta sangen tuhoisa.

Erityisesti kansainvälisten yritysryhmien suhteen on usein vaikeaa ennakoida miten eri maiden veroviranomaiset arvioivat erilaisia tilanteita. Tulkintoihin liittyvä epävarmuus tarkoittaa usein myös merkittävää taloudellista riskiä verovelvolliselle.

Rajatapauksissa ainoa keino varmistua tulkinnasta on pyytää veroviranomaisilta ennakkoratkaisu asiassa. Keskusverolautakunta voi hakemuksen perusteella antaa sitovan ennakkoratkaisun asiassa, joka katsotaan merkitykselliseksi useissa tapauksissa tai tärkeäksi veronmaksajalle. Myös alueelliset verotoimistot voivat antaa ennakkotiedon siitä, miten ne tulevat asian ratkaisemaan. Verotoimisto ei voi kuitenkaan antaa ennakkotietoa jos Keskusverolautakunta on jo käsitellyt tai ratkaissut saman asian.

Ennakkoratkaisun hankkiminen voi tulla kalliiksi. Asian monimutkaisuudesta ja ennakkoratkaisun kohteena olevasta verosta riippuen, veroviranomaisen antama yksittäinen ennakkoratkaisu maksaa Suomessa jopa 2,440 euroa. Lisäksi on suositeltavaa, että ennakkoratkaisuhakemuksen laatii asiantuntija, jotta saatava ratkaisu todella kattaa kaikki merkitykselliset kysymykset ja verovirastolle annetaan kaikki asiaan vaikuttavat tiedot. Ennakkoratkaisulla on hyvin vähän arvoa, jos kaikkia merkityksellisiä seikkoja ei ole kerrottu veroviranomaisille, koska tällöin ratkaisu ei sido veroviranomaista. Ottaen huomioon asiaan liittyvät riskit, verotuksen selvittäminen on silti usein kannattava investointi.

Valtioiden väliset verosopimukset pyrkivät jakamaan verotusoikeuden kansallisten veroviranomaisten välillä ja välttämään tilanteita, joissa molemmat valtiot verottavat samaa tuloa. Käytännössä eri maiden veroviranomaiset voivat kuitenkin olla eri mieltä verosopimusten erilaisten kohtien tulkinnasta yksittäistapauksessa; onko toisessa valtiossa sijaitsevalle yhtiölle muodostunut kiinteä toimipaikka toisessa valtiossa tai ovatko etuyhteyssuhteessa olevien yhtiöiden kanssa käytetyt kustannustenjakomenetelmät markkinaehtoperiaatteen mukaisia.

Ongelmien ratkaisemiseksi verosopimuksiin on yleensä sisällytetty säädöksiä keskinäisestä sopimusmenettelystä. Jos sopimusvaltioiden veropäätökset johtavat tai voivat johtaa kaksoisverotukseen verosopimuksen vastaisesti, veronmaksaja voi pyytää asuinvaltionsa veroviranomaisia ratkaisemaan ongelman veroviranomaisten välisillä neuvotteluilla. Jos veroviranomainen katsoo, että tapauksessa on perusteettomasti kannettu veroa kahdessa valtiossa, veroviranomainen voi (yksipuolisesti) myöntää vapautuksen asuinvaltiossa perittävästä verosta tai käynnistää keskinäisen sopimusmenettelyn toisen valtion veroviranomaisten kanssa toimivan ratkaisun löytämiseksi kaksoisverotuksen välttämiseksi.

Viimekädessä viranomaisilla on harkintavalta päättää vapautuksen myöntämisestä tai keskinäisen sopimusmenettelyn käynnistämisestä. Suomessa päätöksen keskinäisen sopimusmenettelyn käynnistämisestä tekee valtionvarainministeriö. Neuvottelut käydään kahden valtion viranomaisten välillä ja veronmaksaja ei yleensä ole osallisena neuvotteluissa. Tästä syystä on hyvin olennaista, että veronmaksajan hakemus on mahdollisimman kattava ja hakemuksessa mainitaan kaikki asiat, jotka veronmaksajan mielestä pitäisi ottaa huomioon prosessissa.

Ulkomaiset yritykset yllättyvät usein verotietojen laajasta julkisuudesta Suomen verojärjestelmässä. Vaikka veronmaksajan taloudellista tilaa koskevat veroasiakirjat ovat lähtökohtaisesti luottamuksellisia, tästä yleissäännöstä on monia sangen huomattavia poikkeuksia.

Yhtiöiden ja henkilöiden osalta tieto verovuonna ansaituista tuloista, maksetuista ennakkoveroista sekä määrätystä jälkiverosta tai veronpalautuksesta ovat julkista tietoa. Lisäksi on mahdollista julkaista määrättyjä maksamattomiin veroihin liittyviä tietoja.

Yllä mainitut tiedot eivät ole julkisia ainoastaan teoriassa vaan ne ovat myös käytännössä helposti saatavilla. Esimerkiksi tieto tietyn yrityksen tai henkilön maksamista veroista voidaan tilata jopa tekstiviestillä ja vuosittain laaditaan kirjallinen luettelo tietyissä kunnissa maksetuista tuloveroista.